Анализ структуры более 10 тысяч образцов коронавируса нового типа из разных регионов мира показал, что сейчас по миру распространяется шесть его разновидностей. Свои выводы ученые опубликовали в электронной научной библиотеке bioRxiv.
«Мы создали алгоритм, с помощью которого можно быстро секвенировать и объединять в группы полные геномы возбудителей быстро распространяющихся эпидемий. Используя эту методику, мы изучили 10,4 тыс. штаммов SARS-CoV-2 и выяснили, что существует шесть клональных групп этого вируса, которые циркулируют по миру» – пишут ученые.
С первых дней появления вспышки коронавирусной инфекции ученые пытаются понять, в какую сторону и как эволюционирует ее возбудитель – вирус SARS-CoV-2. Сейчас известно, что он накапливает мутации примерно с той же скоростью, что и возбудитель гриппа. Однако как эти мутации влияют на заразность и другие свойства вируса, ученые пока достоверно не знают.
Еще в начале марта китайские биологи заявили, что вирус мог разделиться на два подтипа, S и L, которые отличаются остротой симптомов и скоростью распространения. Другие ученые в этом усомнились, отметив, что изменения в общем генофонде вируса могли быть вызваны различными случайными процессами, а не реальными отличиями в заразности этих подтипов SARS-CoV-2. В мае ученые из Британии и Австралии показали, что в человеческой популяции циркулирует сразу три разновидности вируса.
Генетическая перепись вирусов
Эпидемиологи под руководством доцента Пенсильванского университета (США) Пола Плэнета провела новый, более масштабный анализ подобного рода. Они изучили и сопоставили между собой более десяти тысяч геномов коронавируса нового типа, образцы которых были извлечены из тел переболевших людей в самых разных странах мира за последние шесть месяцев.
Для анализа столь большого набора информации ученые воспользовались специальным алгоритмом, который считывал всю генетическую базу данных и удалял из нее те части генома и фрагменты генов, которые полностью совпадали или были идентичны с функциональной точки зрения.
Благодаря этому исследователи уменьшили объем анализируемых данных и выделили те вариации в бактериальной ДНК или вирусной РНК, которые меняют структуру белков или сигнальных молекул уникальным образом, а также влияют на характер жизнедеятельности их носителей. С помощью этой же методики ученые объединили возбудителей COVID-19 в шесть крупных сообществ, так называемые клональные группы, которые состоят из родственных друг другу штаммов бактерий и вирусов.
Географически представители этих групп были распределены очень неравномерно. К примеру, вирусы из групп СС256 и CC258 встречаются в основном в США, представители групп СС70 и CC225 – в Европе, а на территории Южной Америки распространяется «европейский» коронавирус из группы CC300.
Что интересно, подобный анализ позволил Плэнету и его коллегам выделить мутации, общие для значительной части штаммов коронавируса, а также открыть несколько участков, структура которых мало изменилась за все время существования эпидемии. Эти участки, как предполагают ученые, особенно важны для распространения SARS-CoV-2. Их изучение поможет создать лекарства и вакцины, которые могут действовать почти на все разновидности вируса, заключают исследователи.
Загрузка...